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La courbe épidémiologique Estimation du R effectif

Cette page essaie de déterminer le stage actuel de l’épidémie dans chaque pays, utilisant deux approches simples – et partant inexactes : l’analyse de la courbe épidémiologique et l’estimation du coefficient R. ​ Le graphique ci-dessous présente le profil de la courbe de l’épidémie dans le monde et pour chaque pays. La forme de la courbe sur le graphique ci-dessous indique à quel point de l’épidémie chaque pays se situe, en comparaison avec la courbe type en cloche d’une épidémie (dessin en bas du graphique). Un déclin long et régulier du nombre de cas (la partie descendante de la courbe) indique que le pic de l’épidémie est passé et qu’elle est en retrait.


Estimation du R effectif La mesure la plus utilisée pour identifier le stage de l’épidémie dans le monde et dans chaque pays est le « coefficient de reproduction effectif », qui estime le nombre de cas contaminés par chaque nouveau cas. Le calcul précis du R effectif prend en compte plusieurs facteurs, et nous présentons ci-dessous une estimation simplifiée, calculée comme le rapport du nombre de cas en semaine J par rapport au nombre 2 semaines plus tôt. la période moyenne sur laquelle le virus peut contaminer a été estimée par diverses études à environ 11 jours, mais le calcul du R journalier montre de très grandes variations d’où il est difficile de tirer une tendance. C’est pour cela que nous préférons montrer un R estimé moyen par semaine, et calculé sur une période de 2 semaines. Le suivi du coefficient R est critique pour évaluer si l’épidémie progresse ou repart en hausse, ou au contraire si elle décline, en général grace aux mesures de contrôle. Le graphique ci-dessous permet de visualiser le R estimé depuis le début de l’épidémie. L’interprétation de ce coefficient est la suivante : pour des valeurs supérieures à 1, le nombre de nouveaux cas croit et l’épidémie s’étand. Au contraire, des valeurs inférieures à 1 signifient que chaque cas en contamine moins de 1 pendant la période infectieuse, et l’épidémie décline. L’observation du R sur le long terme sur le graphique ci-dessous suggère immédiatement que le coefficient ainsi estimé est pour tous les pays très élevé au début de l’épidémie (souvent supérieur à 5), et décline dans le temps partout vers des valeurs entre 2 et 0,5. Pour la plupart des pays ayant adopté des mesures rigoureuses de contrôle (confinement, testing et suivi des cas, etc…), le R est tombé en dessous de 1. Mais on observe dans certains de ces pays un repart à la hausse au cours des 3 dernieres semaines, même si les valeurs absolues demeurent basses, ce qui est un signal d’alerte. C’est ainsi que l’on peut déceler que l’épidémie tend à repartir à la hausse en Espagne, en France, en Allemagne,et même dans des pays qui étaient jusqu’à présent cités en exemple de succès dans le contrôle de l’épidémie, comme Israel et l’Australie.


La carte ci-dessous ci-dessous montre la valeur du R estimé dans la seconde quinzaine de Juin dans les divers pays. On observe que très peu de pays ont un R estimé au-dessous de 0,5 ; ce sont pour la plupart des pays en développement où l’épidémie n’a pas encore pris pied. Après une forte diminution du coeeficient pendant et après le confinement, plusieurs pays d’Europe Occidentale et d’ailleurs (États-Unis, Chine) voient leur coefficient remonter à plus de 1. Si ce rebond est temporaire et dû à la levée du confinement ou se maintient sera un facteur critique pour l’évolution à venir de la pandémie. ​ À la mi-août, la pandémie du COVID-19 continue de croître, mais à un rythme qui parait se ralentir, avec une moyenne de 265 000 nouveaux cas par jour depuis fin Juillet. La carte ci-dessous montre le coefficient de reproduction (R) estimé par pays au cours de quatre dernières semaines Aux États-Unis et au Brésil, pays les plus atteints, le nombre de nouveaux cas semble plafonner et même amorcer une légère décrue. Au contraire, en Inde, troisième pays le plus atteint, l’épidémie est toujours en forte croissance et à terme semble devoir atteindre les niveaux brésiliens. En Amérique Latine, l’épidémie continue de croître, surtout dans des pays jusque là plus ou moins épargnés, comme l’Argentine ou la Colombie. En Afrique du Sud, pays de loin le plus atteint du continent avec plus d’un demi-million de cas, le nombre de nouveaux cas est clairement en baisse, tandis qu’il continue de progresser ailleurs. En Europe, le nombre de cas est repartie à la housse dans la plupart des pays, mais surtout en Espagne et en France. Dans les pays d’Asie qui paraissaient avoir surmonté la crise, comme l’Australie, la Nouvelle Zélande, le Japon et la Corée du Sud, le nombre de cas est aussi en hausse, au point de susciter de nouveaux confinements. D’autre part, la mortalité est bien moindre qu’au début de la pandémie, avec 5000-6000 nouveaux décès par jour en moyenne depuis fin juin, contre plus de 7000 à la mi-Avril.



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